Program Infrastruktura i Środowisko powinien mocniej stawiać na zrównoważony transport. Należu usunąć z niego w całości lotnictwo, żeglugę śródlądową, a w korytarzach transportowych prowadzić takie inwestycje, żeby udział kolei wzrastał kosztem transportu drogowego. Nie można zapominać o walce z ubóstwem transportowym i transporcie rowerowym. Ważna jest też budowa systemy ładowania samochodów elektrycznych przy drogach krajowych. Takie wnioski złożył w uwagach Instytut Spraw Obywatelskich (INSPRO), prowadzący kampanię „Tiry na tory”.

Program powiela błąd odrębnego traktowania systemów transportu drogowego i kolejowego. Należy zmienić sposób konstrukcji programu tak, aby jasno wynikał z niej cel zwiększenia kolejowego transportu towarów i ZMNIEJSZENIA UDZIAŁU transportu drogowego w pracy przewozowej wykonywanej w korytarzach transportowych.

Obecny sposób zapisu deklaruje wolę zwiększania przepustowości zarówno na kolei, jak i na drogach. Przy obecnym, nierównomiernym i niesprawiedliwym obciążeniu przewoźników kosztami infrastruktury oraz kosztów zewnętrznych będzie to prowadziło do dalszego wzrostu udziału transportu drogowego w obsłudze, co jest niezgodne z celami transportowej „Białej księgi” UE z 2011 roku i dużych kosztów społecznych. Należy wprowadzić do programu wymóg takiego kształtowania przepustowości i opłat za korzystanie z infrastruktury, który a) umożliwiał jej zachowanie w niepogorszonym stanie b)  stanowił bodziec zachęcający do przepływu i ładunków na kolej. Należy wprowadzić wspólne planowanie inwestycji na  poziomie multimodalnych korytarzy, a nie poszczególnych środków transportu składających się na ten korytarz. Celem musi być osiągnięcie bardziej niskoemisyjnego podziału pracy transportowej niż przed realizacją Programu.

Po słowach „modernizacji specjalistycznego taboru kolejowego (lokomotywy i wagony/platformy) dostosowanego do przewozów ładunków w kontenerach” dopisać słowa „naczepach lub przewozu ciężarówek w całości”. Nie należy zawężać się wyłącznie do kontenerów, jeżeli inne rozwiązania techniczne mogą prowadzić do tego samego celu, jakim jest rozwój transportu kombinowanego. Polska jest ważnym producentem naczep, więc w polskim interesie jest promowanie ich użycia w transporcie intermodalnym. Transport całych ciężarówek może na pierwszy rzut oka nie być optymalnym użyciem zasobów, ale wielu przewoźników zgłasza, że byłaby to atrakcyjna opcja na kierunku wschodnim. Efekt ekologiczny byłby słabszy niż w przypadku transportu kontenerów czy naczep, ale cały czas widoczny. Efekt w postaci spadku zatłoczenia i zużycia dróg byłby w pełni zachowany. Transport całych ciągników siodłowych jest praktykowany m.in. w Austrii czy Szwajcarii.

Po słowach „Realizowane będą również inwestycje infrastrukturalne na liniach towarowych, na których parametry techniczne (w tym w szczególności prędkość” dopisać słowa „oraz nośność, przepustowość i dopuszczalna długość składu”. Na liniach towarowych prędkość jest mniej krytycznym czynnikiem (choć oczywiście obecna prędkość średnia poniżej 30 km/h jest nie do zaakceptowania.. Aby osiągnąć optymalną efektywność energetyczną i  ekonomiczną należy umożliwić ruch pociągów długich (min 750 m, optymalnie ponad 1 km) oraz ciężkich (dopuszczalny nacisk min 221 kN/oś na całej długości szlaku). Duża część szlaków TEN-T będzie istotna zarówno dla ruchu pasażerskiego, jak i towarowego. Potrzebna jest  zapewnienie odpowiedniej przepustowości, w tym tory boczne, mijanki itp.

Należy w całości usunąć wsparcie dla rozwoju wodnego transportu śródlądowego z Programu. Program powinien przewidywać jedynie wsparcie projektów uzasadnionych ekonomicznie i środowiskowo, dostosowanych do zachodzących zmian klimatycznych.  Proponowane wsparcie dla projektów z zakresu rozwoju żeglugi śródlądowej nie zostało oparte o analizy potrzeb ani analizy ekonomiczne (koszty-korzyści, z uwzględnieniem kosztów środowiskowych). Należy podkreślić, iż w uwarunkowaniach polskich (hydrologia, cenne ekosystemy wodne i z wodami związane) transportu śródlądowego, poza starannie zaadaptowanym do tych warunków małogabarytowym transportem turystycznym, nie można traktować jako proekologiczny. Uwarunkowania zw. z dyr. dot. Natury2000 i Ramową Dyr. Wodną to kolejne, po analizach potrzeb oraz kosztów-korzyści, które każą patrzeć na rozwój śródlądowych dróg wodnych wyjątkowo ostrożnie. W kontekście Ramowej Dyrektywy Wodnej należy podkreślić jeden z warunków ex-ante, który Polska musi wdrożyć, a który wymaga m.in., by w masterplanach dla dorzeczy Wisły i Odry uwzględnić także inwestycje z zakresu transportu śródlądowego. Dodatkowo, podkreślić należy, że w warunkach polskich dostosowanie rzek do transportu śródlądowego, zwłaszcza towarowego, wymagające przekształceń profilu poprzecznego i podłużnego koryt oraz budowa zbiorników niezbędnych dla alimentacji wód na potrzeby żeglugi będzie kontrproduktywne w stosunku do wysiłków ukierunkowanie na zarządzanie ryzykiem powodziowym i ograniczanie tego ryzyka (związane z dyr 2007/60/WE). Bez działań powodujących utratę różnorodności biologicznej, w tym ekosystemów wodnych i od wód zależnych, oraz kontrproduktywnych w stosunku do koniecznej adaptacji do zmian klimatu np. „zabudowy regulacyjnej swobodnie płynącej rzeki” nie są możliwe: 1) podniesienie parametrów Odrzańskiej Drogi Wodnej, 2) inwestycje na rzekach w celu przystosowania połączenia wodnego Odra – Wisła -Zalew Wiślany.

W działaniach dot. przejścia na transport niskoemisyjny w miastach brakuje otwarcie zapisanego wsparcia dla transportu rowerowego. Wsparcie to powinno obejmować budowę lub uzupełnianie braków w trasach rowerowych stanowiących spójną sieć w danym obszarze funkcjonalnym. Należy umożliwić wprost finansowanie następujących elementów tras rowerowych: budowę dróg dla rowerów, wyznaczanie pasów ruchu dla rowerów w jezdniach, uspokajanie ruchu (trefy tempo 30) Priorytet powinna mieć liniowa infrastruktura rowerowa o charakterze międzydzielnicowym, określona w dokumentach planistycznych i strategicznych poszczególnych miast, w tym zwłaszcza kluczowe inwestycje skracające drogę i czas przejazdu rowerem oraz poprawiające bezpieczeństwo rowerzystów (tunele, kładki itp.).Warto również podkreślić, że przejście na rowerowy transport niskoemisyjny nie wymaga dużych nakładów. Miasta takie jak Sewilla, Berlin, Monachium, Edynburg pokazują, że przeniesienie 1% i więcej ruchu miejskiego na rower rocznie jest możliwe, a więc działania na rzecz transportu rowerowego mogą przynieść szybki efekt spadku emisji. Rower może również powiększać zasięg przystanków/węzłów transportu zbiorowego. Rozważanie powiązania transportu zbiorowego z rowerem powinno być obowiązkowe we wszystkich projektach finansowanych z Programu dotyczących transportu zbiorowego.